Berdasarkan Surat Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Jawa Timur Nomor B- 4529/ Kw.13.2.1/ PP.00/ 9/ 2021 dan surat Kepala Kantor Kementerian Agama Kota Surabaya Nomor: B.792/Kk.13.29.2/PP.00/8/2021 perihal Permohonan Rekomendasi/Ijin Pembelajaran Tatap Muka mulai tahun pelajaran 2021/2022 di Madrasah Aliyah Negeri dan Swasta Kota Surabaya maka MAN Kota Surabaya mulai melaksanakan Pembelajaran Tatap Muka (PTM) Terbatas pada minggu ini.
Pelaksanaan pembelajaran tatap muka terbatas di MAN Kota Surabaya dilaksanakan mulai hari Senin tanggal 6 September 2021, dengan memperhatikan beberapa ketentuan, diantaranya mematuhi prokes (Memakai Masker, membawa hand sanitizer, menjaga jarak, dan tidak berkerumun) serta mendapat Ijin dari orang tua
Pembelajaran tatap muka di MAN Kota Surabaya dilaksanakan seminggu 2 kali, kecuali kelas XII MIPA 7 (dalam satu minggu 3 kali), selebihnya menggunakan Pembelajaran Jarak Jauh/Daring dari rumah, bisa menggunakan zoom, google meet maupun elearning. Waktu pembelajaran tatap muka maksimum 4 Jam (4×60 menit) dan dibagi menjadi 2 sesi yakni sesi pagi masuk mulai pukul 06.45-10.00 WIB dan sesi siang masuk pukul 12.20-15.30 WIB. Jumlah siswa perkelas Maksimum 50 % dari jumlah keseluruhan.
Selama pembelajaran tatap muka, terbatas, siswa harus mematuhi tata tertib yang sudah ditetapkan oleh Madrasah diantaranya masuk sesuai jadwal dengan memakai seragam sesuai ketentuan madrasah, sebelum masuk kelas harus mencuci tangan atau menggunakan hand sanitizer, selalu menjaga jarak sesuai dengan tempat duduk yang telah ditentukan dengan tetap memakai masker dan selalu menjaga kebersihan lingkungan kelas maupun madrasah.